Im Bereich der Unterwasserarchäologie arbeitet die Abteilung seit vielen Jahren erfolgreich mit dem Landesamt für Denkmalpflege und Archäologie Sachsen-Anhalt zusammen. Erstmals kam dazu Ende 2018 ein autonomes Oberflächenfahrzeug auf dem Süßen See zum Einsatz. Ausgestattet mit einem hochauflösenden Fächerecholot konnte ein ca. 7000 Jahre altes versunkenes Hügelgrab vermessen und 3D-modelliert werden.
In den folgenden Jahren wurde das am Institut entwickelte ROV (Remotely Operated Vehicle) mehrfach im Süßen See und im Arendsee eingesetzt, um Objekte aus Sonardaten zu prüfen und zu verifizieren. Im Süßen See leisten sie den Archäologen wertvolle Hilfe: Das ROV erstellt hochauflösende Videos und Sonardaten von Objekten und Strukturen, die selbst erfahrenen Sporttauchern in dem trüben Gewässer verborgen bleiben können.
Im Jahr 2020 konnte ein weiterer Sensor erfolgreich in das Fahrzeug integriert werden. Dabei handelt es sich um einen Unterwasser-Laser-Scanner der Firma Kraken Robotik. Dieser Sensor erlaubt die bislang genauste Vermessung von UW-Strukturen – Abweichungen im erstellten 3D-Modell sind geringer als einen Millimeter. Dieser Sensor wurde zuerst im Testbecken des IOSB-AST getestet und später sowohl im Süßen als auch im Arendsee praxisnah erprobt.